Tratando-se de uma Autarquia, o DER/SE possui Conselho Deliberativo ao invés de Conselhos de Administração e Fiscal, nos termos da Lei Estadual nº5.697/2005
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Competências do Do Conselho Deliberativo – Lei Estadual nº 5.697-2005
O Conselho Estadual de Transportes – CET foi constituído na forma dos arts. 40 a 42, da Lei nº 3.480, de 13 de maio de 1994, reestruturado na forma da Lei nº 7.298, de 7 de dezembro de 2011, e atualmente integra a estrutura organizacional do Departamento Estadual de Infraestrutura Rodoviária de Sergipe – DER/SE, nos termos da Lei nº 8.802, de 17 de dezembro de 2020.
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